پژوهشكده ايمونولوژی و بيماری های عفونی فعالیت خود را به صورت رسمی از بهمن ماه سال 1395 در بيمارستان رسول اكرم (ص) تهران به عنوان اولین پژوهشکده دانشگاه علوم پزشکی ایران آغاز كرد. سه مركز تحقيقات (مقاومت های ميكروبی، ايمونولوژی و بيماری هاي عفونی اطفال) در اين پژوهشكده فعاليت های پژوهشی خود را در قالب هسته های پژوهشی به شرح زير انجام می دهند:

مركز تحقيقات مقاومت های ميكروبی:

مقاومت های ميكروبی

عفونت های بيمارستانی

عفونت باکتری های بی هوازی و ميكروبيوم

توليد و بررسی مواد آنتی باكتريال بر پايه نانو، مواد پروبيوتيكی و عصاره های گياهی

 مركز تحقيقات ايمونولوژی:

آلرژی و فرآورده های تشخیصی و درمانی

ایمونولوژی پیوند و ایمونوژنتیک

ایمونولوژی تولید مثل

مركز تحقيقات عفونی اطفال:

بيماري های انگلی و قارچی

بيماری های ويروسی

عفونت های مادرزادی نوزادان

عفونت های گوارشی كودكان

يكی از مهمترين ماموريت های پژوهشكده ايجاد فضای تعاملی مناسب و تیم سازی موثر بين پژوهشگران بالينی و علوم پايه می باشد. مشکلات به خوبی در فیلد شناسایی شده و طرح های اثرگذار برای رفع مشکل با تعامل و همکاری تنگاتنگ همکاران بالینی و علوم پایه تصویب و انجام می شود. این پژوهشکده با مراکز تحقیقاتی دیگر، دانشگاه های علوم پزشکی، صنعتی و تعدادی از شرکت های دانش بنیان همکاری تنگاتنگی دارد و از مشارکت در طرح های مشترک با دیگر مراکز استقبال می کند.